Le Duché de Zeon, l'ensemble de colonies spatiales le plus éloigné de la Terre, a déclaré son indépendance et commencé une guerre contre la Fédération Terrienne depuis dix mois. Bien que Zeon ait moins de ressources, ils avaient développé des robots géants, les mobiles suits, qui leur conférèrent un énorme avantage pendant les batailles. Alors que la moitié de l'humanité a péri, la guerre s'est enlisée.
La Fédération a enfin développé son propre mobile suit, le Gundam, mais Zeon lance un raid sur une colonie civile pour le voler ou le détruire. Amuro Ray, un adolescent, doit prendre les commandes du Gundam pour repousser les soldats de Zeon et sauver ses amis.