La guerre qui oppose la Fédération Terrienne et Zeon continue, mais Side-6 reste un havre de pais, la colonie étant neutre. Pourtant, des rumeurs semblent indiquer qu'elle abrite une base secrete fédérale qui y développe un nouveau modèle de mobile suit et cela mène à une infiltration de soldats de Zeon. Alfred Izuruha, un garçon de dix ans, rêve de cette guerre qui le fascine et lorsqu'il rencontre les soldats de Zeon, il décide de les aider sans réellement savoir ce que cela signifie pour lui et pour la colonie.